Pendidikan dan pengajaran di Pondok Pesantren Modern Nurussalam mengedepankan jiwa dan nilai nilai kepesantrenan yang luhur. Nilai dan jiwa ini menjadi landasan yang mewarnai seluruh kehidupan individu santri, guru, kyai dan pondok secara kelembagaan.
- Jiwa Keikhlasan
Jiwa ini berarti bahwa pendidikan dan pengajaran di Pondok Pesantren Modern Nurussalam tidak didorong dengan adanya interest pribadi yang semata mata hanya demi mencari keuntungan semata. Segala bentuk perbuatan harus dilakukan lillahi ta’ala, diniatkan untuk ibadah kepada Allah SWT. Kyai ikhlas mendidik, para guru ikhlas mendidik, santri santri juga ikhlas mengikuti dan menjalani pendidikan di pondok. Sehingga dengan demikian terciptalah suasana yang harmonis dan hubungan batin yang kuat, antara kyai yang disegani dan santri yang taat dan patuh.
- Jiwa Kesederhanaan
Jiwa kesederhanaan meliputi seluruh kehidupan kyai, guru dan santri. Sederhana tidak berarti hanya menerima keadaan. Sederhana juga tidak berarti miskin dan melarat. Justru dalam jiwa kesederhanaan terdapat nilai nilai kekuatan, kesanggupan, ketabahan dan penguasaan diri dalam menghadapi perjuangan hidup. Kesederhaan berarti cukup, sesuai dengan kebutuhan dan tidak berlebih-lebihan.
- Jiwa Berdikari
Berdikari berarti jiwa kemandirian, yang tersirat di dalamnya kesanggupan menolong diri sendiri. Jiwa berdikari ini tidak hanya terbatas pada santri yang harus mampu mengurus segala kepentingannya sendiri, tetapi pondok secara kelembagaan juga harus mampu berdikari dan tidak menggantungkan kehidupannya pada bantuan dan sumbangan dari pihak lain. Meski demikian, bukan berati bahwa dengan jiwa ini pondok bersifat kaku dan tertutup, sehingga menolak orang orang yang akan memberikan bantuan. Pondok menjadi maju bukan karena dibantu, tapi karena pondok maju, maka orang tergerak untuk membantu.
- Jiwa Ukhuwwah Islamiah
Kehidupan di pondok pesantren diliputi suasana persaudaraan yang akrab, sehingga segala suka dan duka dirasakan bersama dalam jalinan ukhuwwah Islamiah. Tidak ada dinding yang dapat memisahkan antara mereka. Ukhuwah ini bukan saja selama mereka di Pondok, tetapi juga mempengaruhi ke arah persatuan ummat dalam masyarakat setelah mereka terjun di masyarakat. Ukhuwwah Islamiyah ini juga menjadi nilai yang membentuk kekeluargaan diantara para alumni dan menciptakan rasa memiliki (sense of belonging) terhadap pondok
- Jiwa Bebas
Bebas dalam berpikir dan berbuat, bebas dalam menentukan masa depan, bebas dalam memilih jalan hidup, dan bahkan bebas dari berbagai pengaruh negatif dari luar, masyarakat. Jiwa bebas ini akan menjadikan santri berjiwa besar dan optimis dalam menghadapi segala kesulitan. Jiwa bebas bukan berarti lepas tanpa aturan, sehingga berakibat hilangnya arah dan tujuan atau prinsip. Begitupun bebas bukan berarti terlalu berpegang teguh kepada tradisi yang dianggapnya sendiri telah pernah menguntungkan pada zamannya, sehingga tidak hendak menoleh ke zaman yang telah berubah. Akhirnya dia sudah tidak lagi bebas karena mengikatkan diri pada yang diketahui saja. Maka kebebasan ini harus dikembalikan ke aslinya, yaitu bebas di dalam garis-garis yang positif, dengan penuh tanggungjawab; baik di dalam kehidupan pondok pesantren itu sendiri, maupun dalam kehidupan masyarakat.